Kênh nhà Lê là một hệ thống giao thông đường thủy quan trọng nối Ninh Bình - Thanh Hóa - Nghệ An và Hà Tĩnh, từ kinh đô Hoa Lư đến biên giới Đèo Ngang thời Tiền Lê.[4] Năm 983, Lê Hoàn cho đào kênh từ sông Mã qua núi Đồng Cổ đến sông Bà Hoà. Năm 1003, Lê Hoàn tiếp tục cho đào kênh Đa Cái nối tới Hà Tĩnh. Năm 1438, Lê Thái Tông tiếp tục cho khơi đào các kênh ở Thanh Hoá và Ninh Bình. Năm 1445, Lê Nhân Tông sai các quan đốc thúc quân lính đào các kênh ở lộ Thanh Hoá và Nghệ An. Năm 1744, vua Lê Hiển Tông tiếp tục cho khơi kênh từ Thanh Hoá vào Nghệ An. Hệ thống các tuyến sông này hiện vẫn được gọi là sông Nhà Lê. Đây được xem là tuyến đường giao thông thủy đầu tiên trong lịch sử Việt Nam.

Những năm 1964, đế quốc Mỹ bắt đầu sử dụng máy bay ném bom để thực hiện cuộc chiến phá hoại miền Bắc, và một trong những mục tiêu hướng đến là cắt đứt các con đường tiếp vận của Việt Nam cho chiến trường miền Nam. Các tuyến giao thông huyết mạch đều bị máy bay dội bom phong toả. Trong bối cảnh đó, Cục Đường sông Việt Nam đã khảo sát các con sông lớn, nhỏ để mở luồng vận tải. Tuyến kênh đào Nhà Lê được khôi phục lại với chiều dài trên 500 km, bắt đầu từ huyện Yên Mô, Ninh Bình xuyên qua Thanh Hoá, Nghệ An đến huyện Cẩm Xuyên, Hà Tĩnh. Ngay sau đó, một ban chỉ đạo nạo vét toàn tuyến kênh đã được thành lập, với tên gọi tắt là Ban KT65. Các công trường nạo vét được đồng loạt mở ra ở 4 tỉnh Ninh Bình, Thanh Hoá, Nghệ An và Hà Tĩnh.[5]

Năm 1965, Bộ Giao thông vận tải chỉ đạo các địa phương có kênh chảy qua đồng loạt thực hiện đợt nạo vét kênh quy mô lớn. Đến ngày 14.1.1966, Hội đồng Chính phủ thành lập Ban khai thác kênh nhà Lê, gọi tắt là Ban KT66, trực thuộc Cục Vận tải đường sông. Ban KT66 vừa chỉ huy các lực lượng nạo vét kênh, tổ chức vận tải, vừa trực tiếp bắn máy bay địch và rà phá bom mìn từ trường bảo đảm tuyến giao thông đường thủy nội địa được thông suốt.

Cuối năm 1965, trên toàn tuyến đã nạo vét được 365.000m3. Những đoạn cạn nhất được khoét sâu từ 50 – 60 cm và khi thuỷ triều lên đạt mức nước 1-1,2m, đảm bảo cho các loại thuyền có trọng tải trên 10 tấn đi lại thông suốt. Đồng thời, có 3 đại đội thanh niên xung phong với tổng số gần 1.000 đội viên nam, nữ được điều động chốt tại các khúc kênh quan trọng như kênh Son, kênh Ma Đa, kênh Cấm, kênh Sắt, kênh Gâm, kênh Than, kênh Nhồi, kênh Lấp, kênh De, kênh Choáng.